Пересмотрел эту сцену и обратил внимание на две вещи:
1 Незадолго до сцены в поезде были показаны Рей и Аска, говорившие о снах.
2 Синдзи и Тодзи ехали в разных вагонах. Хорошо видно, как они движуться друг относительно друга, но дверь между ними открыта.

Исходя из этого сочинил такую теорию.
Образ вагона - это внутренний мир человека, то что "отгороженно" его АТ полем. У Синдзи свой вагон у Тодзи свой, а весь состав - это вроде всего человечества. Если использовать железнодорожную терминологию, то Рей, что-то вроде проводника/проводницы в этом поезде. Обычно в поезде у каждого проводника один вагон, но если представить, что за Рей "закреплены" все вагоны, то получается очень похоже. Она принадлежит, как бы каждому внутреннему миру - вагону и, видимо, способна по своему желанию пробуждаться в сознании людей и преоткрывать двери между вагонами, позволяя сознаниям людей становиться ближе. Получилась своего рода микрокомплементация в отдельно взятой палате  . Но все же Синдзи и Тодзи отгорожены друг от друга АТ полем, и, хотя их внутренницй мир немного преотрылся, они все же продолжают ехать каждый в своем вагоне.
В следующей части я согласен с Hamletом. Тодзи менее замкнут, поэтому он оказался способен в этой ситуации, если не услышать о чем говорили Рей и Синдзи, то хотябы прикоснуться к его внутреннему миру, что само по себе уже очень много. Синдзи же настолько был поглощен своими проблемами, что, запертый в своем мирке - вагоне, ничего больше не замечал.
Вот такая теория. Разумеется это просто мой взгляд на этот эпизод, ни на какую долю истины, вообщем, не претендующий.
Ну что ж, пойду и дальше постигать загадки Евы